中国科学院“动物模型与人类疾病机理重点实验室”成立于2008年12月19日，是中国科学院昆明动物研究所中长期发展三大方向之一，旨在充分整合云南省丰富多样的生物资源、地方生物医药产业需求、昆明动物研究所人才和技术特色，提升重大疾病机理研究、新药筛选、药效学评价等方面的自主创新能力和国际竞争能力，为多种重大疾病的发生机理、临床预防、诊断和治疗等做出贡献，满足我国人口与健康领域的迫切、重大需求。
 研究方向与发展目标
1、研究方向与主要研究内容
       主要针对艾滋病、抑郁症等疾病：（1）建设和完善疾病灵长类动物模型；（2）研究疾病 发生的细胞分子机理和调控靶点；（3）致力于具有自主知识产权的新药、疫苗和新技术研发。
2、近期研究工作重点
       建设重大疾病机理研究的多学科交叉创新体系包括建设生物毒素资源基因组平台、活性多肽学平台、动物模型研究平台、药理药效学评价平台、病理学评价平台等。发现治疗艾滋病、抑郁症的新调控靶点和途径。筛选和评价一批具有重要学术价值和新药研发前景药的天然物质或生物毒素。重点引进和培养35岁以下具有较高学术造诣及科研水平的人才；培养一批高水平的技术人才队伍。
3、中长期发展目标及规划
      将进一步加强创新团队的技术特色和资源优势的整合，重点发展疾病灵长类动物模型和新药药效学评价及动物毒素资源的研究；面向世界科技前沿，对艾滋病、肝炎、毒品成瘾、抑郁症等重大疾病机理进行研究。把资源特色转化为集聚式创新体系的人才优势和技术优势，为重大疾病的预防和治疗提供具有自主知识产权的新方法和途径。
研究工作基础、成果与水平 
    在抗艾滋病和抗抑郁症新药药效学评价关键技术、疾病灵长类动物模型、生物毒素结构与功能、疾病遗传学等研究方面具有长期研究积累和资源特色，部分已达到国内外先进水平。与国外超过30个单位进行了实质性的合作（联合发表论文、申请基金等）。主持和承办了5次国际性学术研讨会。 
    5年来重点实验室取得系列研究成果，发表SCI论文200余篇，其中国际一流学术杂志论文28篇（如Science 2003, 2006; PNAS 2007, 2008等），获得国家和省部级奖11项、申请专利71项，已获授权24项。发明吸毒人员快速检测仪，筛选出活性单体几十种和进行了新药药效学评价11项。 
    5年来重点实验室承担了国家、省部级、国际合作等项目65项，已经到位经费3602.6万元。
科研队伍与人才培养
1、目前重点实验室的固定职工有40人，平均年龄为36.2岁。博士学位占55%、硕士学位占10%、学士学位占30%。现有在读研究生92名，为外单位代培研究生46名。现有创新团队9个，其中国家杰出青年基金获得者1名、科学院“百人计划”6名、云南省中青年学术与技术带头人6名。张云博士现任国际生物毒素学会亚太理事，“Toxicon”编委；徐林博士现任国际《Neural Plasticity》副主编和《Behavioural Brain Research》杂志编委、中国神经科学学会常务理事和临床与基础精神病学学会副会长。
2、5年来培养研究生毕业总共55人，其中7名硕士、48名博士（20名出国留学）。
3、实验室主任、学委会主任
  实验室主任：徐林研究员；
  实验室副主任：郑永唐研究员；
  学术委员会主任：孙汉董院士；
  学术委员会副主任：张云研究员
科研条件
1、现有主要仪器设备概况，整体装备水平与特色
    实验室装备的整体水平基本上达到国内中上水平。重点实验室主要仪器设备有133套，总经费1045万元。研究所相关公用设备有激光共聚焦显微镜、高效液相层析、流式细胞仪、荧光定量检测仪、超速离心机、去离子纯净水净化系统等。昆明动物所“灵长类实验动物饲养繁殖中心”、国家发改委“昆明高等级生物安全灵长类动物实验中心”和“国家生物产业基地-灵长类实验动物饲养繁殖中心及动物实验条件”项目，为重点实验室发展提供了重要支撑条件。
2、实验、办公、学术交流用房分布、面积与环境
    重点实验室的空间和硬件设施达到了发达国家的中等水平。重点实验室目前实验和办公用房面积为1300平米；有专门用于学术交流的报告厅和小型会议场所4个，总面积约为300平米。